Esistono sicuramente società e professionisti che eseguono misurazioni di portata.
Sicuramente possono fornirti la taratura degli strumenti, ma francamente una certificazione... non mi risulta.
Che tipo di certificato ti richiedono?

Nell'eolico le campagne di misura del vento hanno una durata di circa un anno, tempo che generalmente si ritiene sufficiente per ottenere una campionatura statisticamente significativa del regime anemologico del sito.
In idraulica un anno di rilevazioni non sarebbe sufficiente, è necessario un tempo ben maggiore, quindi ammesso che si inizi oggi a misurare, per avere un buon campione di misura finiresti fra 10 anni o più.
Per questo motivo usualmente si fa riferimento ai dati pluviometrici (gli annali raccolgono dati di molti anni), trasformando con uno studio idrologico gli afflussi in deflussi...
Questo comporta delle inevitabili approssimazioni, chi certifica i risultati come se fossero perfetti evidentemente non è molto esperto in materia.

Diverso è il caso di misurazioni puntuali della portata, io stesso ne ho fatte in sede di collaudo di acquedotti con strumenti di misura ad ultrasuoni con precisioni nell'ordine del 2%... ma ai fini della producibilità nell'idroelettrico: una, due o dieci misure "una tantum" possono servire per una prima verifica di fattibilità, non certo per una stima della producibilità annua media.

ti serve uno studio idrologico del bacino imbrifero di riferimento. E' uno studio che si basa su dati storici (dello stesso bacino se hai fortuna ad avere una centralina esistente) oppure per analogia con altri bacini. Se non hai dati storici di riferimento e non ti fidi delle analogie idrologiche, effettui una campagna di rilievo tramite stramazzo ma vai avanti per non meno di 2 anni (così ad esempio in provincia di cuneo).

Molte volte sono gli enti stessi che ti obbligano a fare la campagna di misura. Tieni conto che in alcuni casi è un cane che si mangia la coda in quanto serve l'autorizzazione per fare le misure che servono per l'autorizzazione...

Dal punto di vista tecnico la tecnica è cmq quella indicata da lollolo...

bye
m.