boh.. non ti so dare una risposta certa ma solo un mio parere.
Se il contenitore viene recuperato e riutilizzo non credo possa essere considerato un rifiuto.
Se non sbaglio, il negozio "abilitato" dovrà rilasciare il modello "formulario rifiuti" (D.Lgs. n° 22/1997 e successive - D.M. n° 145/1998) compilato con la natura del rifiuto (contenitore da rottamare) all'azienda cedente che dovrà provvedere a caricare nel registro. Nel caso di privati non ho idea.
Immagino che il negozio dovrà rifarsi verso l'isola ecologica a cui cederà i propri rifiuti.