Emetti fattura per il lavoro già fatto e minaccia di abbandonare l'incarico se non pagato regolamente.

Eh ho già fatto anche quello .... sono mesi che lotto, ora basta; vorrei trovare una via di uscita senza danneggiare il proprietario dell'impianto

Il proprietario dell'impianto ha già pagato tutto? Se non lo ha fatto dimostra che sei tu incaricato della pratica e fagli trattenere una parte del pagamento a tuo favore

certo, però io adesso vorrei smettere immediatamente di seguire la pratica e la mia richiesta principale è: sono tecnico responsabile indicato sul portale, è possibile togliermi ufficialmente da questa "posizione"?

secondo mè è meglio che parli con il propietario dell'impianto e gli esponi
la situazione se non gli termini la pratica tu dovrà incaricare qualcun altro
pagandolo magari ti paga lui

Sicuramente è meglio informare il cliente, in fondo sei tecnico-responsabile (e sottolineo responsabile) per il suo impianto. Meglio se lasci traccia scritta di ciò che accade e rimetti la responsabilità per eventuali conseguenze in capo alla società inadempiente.

E col GSE come la mettiamo???

Se non completi la pratica di incentivazione con il GSE l'incentivo lo perde il cliente.
Nel caso specifico del GSE, tu sei il tecnico responsabile dal punto di vista della correttezza tecnica e progettuale dell'impianto e della documentazione che presenti (tecnica e basta, ed ha possibili rilievi penali in caso di negligenza, imperizia, etc.); non sei responsabile della conduzione dell'iter di qualificazione verso il GSE (di questo aspetto, il GSE, conosce solo il soggetto reposabile impianto, cioà il committente). Tant'è vero che se l'iter non è completato è il committente che non si vedrà riconosciuto l'incentivo.
E' chiaro che poi questo si rivale (civilmente, per danno) nei confronti del soggetto che ha contrattualizzato l'impianto chiavi in mano (la ditta che non ti paga). Questa, a sua volta, risponde al committente per inadempienza ma si può rivalere sul tecnico che ha incaricato (tu !) se esiste giusta causa.

Per questo secondo me devi scrivere e scrivere e scrivere, in modo da lasciare traccia e chiarire a ognuno le sue responsabilità. Secondo me, se metti in mora la società rimettendo l'incarico e informi di questo il committente specidficando le cause, dovresti essere abbastanza tranquillo.
Il Committente, vistao che il contratto ce l'ha con la società si incazz.. con la società e questa deve provvedere a trovare un altro tecnico, sennò ne risponde per danni. Al contempo, non credo possa rivalersi su di te in quanto recedi dall'incarico per giusta causa e ti sei pure preoccupato di informare dei danni emergeti il committente e la società stessa.

Concordo con Mozzarella... io per ora, e per fortuna, sono arrivato solo a minacciare di bloccare tutto l'impianto e quindi non far pervenire l'incentivo al cliente finale.... per ora direi che è bastato... Ma nella sostanza può capitare qualche situazione anomala o qualche caso estremo. Proporrei di parlare con il cliente e di spiegargli la situazione... .anche se tu hai un contratto (spero una lettera d'incarico... qualcosa scritto nero su bianco...)con l'azienda e non con lui...
Poi cercati un buon avvocato....
Ciao Fabio