L'acqua, se presente nell'olio, và eliminata preventivamente (per decantazione oppure per riscaldamento) in quanto favorirebbe la saponificazione anzichè la transesterificazione.
Ammesso (e non concesso) che nel bio appena formato ce ne sia ugualmente, questa, sia a causa del suo peso specifico che a causa della sua diversa solubilità (è miscibile con la glicerina in ogni proporzione mentre è insolubile nel bio) andrebbe certamente a miscelarsi con la glicerina e verrebbe eliminata con questa, ragion per cui io penso di poter dire che nel biodiesel, se non ce la mettiamo noi, non c'è acqua.
Io ritengo che il modo più semplice, veloce ed efficace per eliminare i saponi, (dopo naturalmente avere ridotto al minimo indispensabile la quantità di soda da usare), è quello con le resine a scambio ionico: un primo passaggio su una resina cationica (tipo Rohm & Haas Amberjet 1000-H o similari) consentirebbe di togliere gli ioni sodio Na+ sostituendoli con ioni idrogeno H+ (aumenta l'acidità) e un successivo passaggio su una resina anionica (tipo Rohm & Haas Amberlite IRA 402-OH o similari) toglierebbe i radicali negativi degli acidi grassi (oleato, linoleato, palmitato, stearato ecc) sostituendoli con degli ossidrili OH- e ristabilendo così il PH neutro. Purtroppo queste resine non sembrano facilmente reperibili, le ho cercate su internet ma, a parte il sito Lennetech.com , non ho trovato nessuno che le proponga con prezzi e quantità accettabili, forse si tratta di prodotti troppo specifici e professionali (servono infatti per la demineralizzazione totale dell'acqua, non per un semplice addolcimento), e richiedono la rigenerazione con acidi e basi forti, quindi non sono destinate al depuratore sottolavello della signora Maria. Se qualcuno avesse notizie in merito e volesse postarle gli sarei grato.