Non è assolutamente una domanda banale, anzi!
Ti rispondo con la mia esperienza diretta, quindi già in epoca ISS, anche se in configurazione minimale rispetto ad ora.
Il rifiuto non riciclabile a bordo, viene riportato a terra, quando usi un modulo riutilizzabile, come è stato l'MPLM, che viaggiava all'interno della cargo bay dello Space Shuttle. Negli altri casi, quando si viaggiava all'interno delle capsule nelle quali al rientro c'era spazio solo per gli astronauti, si utilizzano i moduli logistici usa e getta, come gli ATV. Questi venivano lanciati con un razzo, raggiungevano la stazione spaziale alla quale si agganciavano. Si scaricava il materiale che si doveva portare a bordo, ovvero dai viveri, agli esperimenti, ai materiali ausiliari, ecc...
Lo stesso ATV, una volta svuotato dei rifornimenti, veniva riempito di tutto ciò che non serviva più nella ISS, non soltanto "l'immondizia", ma anche gli esperimenti che ormai avevano esaurito la loro utilità. ATV è un modulo logistico automatico, cioè dotato di motori e avionica, in grado di sganciarsi dalla stazione spaziale e allontanarsi dalla sua rotta, per poi precipitare sulla Terra, distruggendosi in gran parte con l'ingresso in atmosfera e i frammenti che ricadono su aree dedicate della Terra (di solito sono fosse oceaniche).
MPLM e ATV sono due tipologie di moduli logistici di cui mi sono occupato nel passato. Più recentemente stavamo producendo i moduli Cygnus, che vengono lanciati da un razzo, come l'ATV, ma sono manovrati col braccio robotico, come l'MPLM, e rientrano a "caduta" sulla Terra, diversamente dagli altri due, disintegrandosi così come gli ATV.
Tieni conto che comunque le urine vengono recuperare e purificate e tornano a essere acqua utilizzabile per tutti gli usi di bordo, anche per bere!
p.s.: Non è che gli astronauti si bevano sempre la loro urina, a ciclo continuo, ogni volta che mandiamo su i rifornimenti, gli inviamo delle tank di acqua con caratteristiche scientificamente studiate e adattate alle esigenze degli astronauti che si trovano a bordo in quel momento. Chi prepara l'acqua per la parte "occidentale " della ISS (i russi si arrangiano da sé), secondo rigorose specifiche, è la SMAT di Torino (l'azienda municipalizzata che gestisce l'acqua potabile nella città subalpina).
